L'abbaye bénédictine du Mont-Saint-Michel fondée en 966 est en fait précédée sur le site par une première construction religieuse, aujourd'hui disparue, et construite au XIIIème siècle : l'évêque d'Avranches Aubert fait construire un oratoire circulaire, et dédié à l'Archange Saint-Michel, qui lui serait apparu par trois fois.

C'est le Duc de Normandie, Richard 1er, qui installe des bénédictins sur le site, pour mettre fin au mode de vie dissolu des chanoines. Les moines alors viennent des abbayes de Saint-Wandrille (à une quarantaine de kilomètres au nord-ouest de Rouen), de Saint-Taurin-d'Évreux (Évreux) et de Jumièges (à une vingtaine de kilomètres à l'ouest de Rouen). C'est le début des grandes constructions sur le Mont.

L'abbaye va connaître une période de déclin relatif, que symbolisent l'écroulement d'une partie de la nef de l'église (1103) et deux grands incendies (1113 et 1138). L'abbé Robert de Thorigny, élu en 1154 entame le redressement, peu avant le rattachement de la Normandie au royaume de France (1204).

Le cloître est achevé en 1228. Pour se prémunir de la menace anglaise, l'abbé Pierre le Roy (1386-1410) fait construire la tour Perrine (1), la tour des Corbins (2) et le Châtelet (3) ; son successeur, l'abbé Robert Jolivet (1410-1444) entame la construction des remparts, et dote le Mont d'une citerne (4). Les Anglais ne parviendront jamais à prendre le site, malgré un nouvel incendie en 1433. La violente attaque de 1434 sera violemment repoussée et sonnera le glas des ambitions anglaises.