L'Inquisition est un tribunal ecclésiastique d'exception chargé de lutter contre les hérésies. Elle est introduite devant les tribunaux ecclésiastiques par le pape Innocent III en 1199. Au XVe siècle, l'Inquisition médiévale disparaît, mais d'autres formes d'inquisition lui survivent jusqu'au XIXème siècle : l'Inquisition espagnole et l'Inquisition romaine, le Saint-Office.

L'Inquisition se caractérise avant tout par la procédure à laquelle elle recourt : l'inquisitio, par laquelle le juge peut entamer une action d'office, par opposition à l'accusatio, dans laquelle le juge n'instruit un dossier que suite à une accusation.

En février 1231, Grégoire IX publie la constitution Excommunicamus, qui prescrit la détention à vie pour les hérétiques repentis et la peine de mort pour les hérétiques obstinés. Les premiers inquisiteurs sont désignés et missionnés par le Saint-Siège : d'un point de vue canonique, ce sont des commissaires pontificaux, spécialement chargés de lutter contre l'hérésie et censés collaborer avec les évêques. Surtout, il ne s'agit pas d'une institution organisée et hiérarchisée, mais d'une nébuleuse de tribunaux inquisitoires distincts, et ne coopérant pas les uns avec les autres.

En France, l'inquisition s'introduit d'abord par le Nord, en avril 1233, avant de pénétrer en Languedoc en 1233-1234 : elle n'a donc pas eu pour objectif premier d'éliminer les Cathares, même si elle en est comptable.
Ses rapports avec les pouvoirs temporels sont très variables d'un pays à l'autre, car elle matérialise une sorte de primauté de l'Eglise sur les rois : acceptée ou tolérée ici, rejetée là, instrumentalisée ailleurs...
La plupart du temps, les inquisiteurs sont choisis dans les nouveaux ordres religieux, dominicain et franciscain. Ce sont des ordres sont des " ordres mendiants ", qui vivent des quêtes faites aux sermons et non du revenu de leur terre, ce qui leur attire la sympathie populaire : vivant pauvrement, ils sont mieux vus de la population que les riches bénédictins ou chanoines.

Le recours à la torture et l'ampleur des persécutions semblent avoir été exagérés, mais l'Inquisition est responsable de nombreuses exactions ; elle reste le symbole de l'intolérance religieuse, et l'un des contributeurs les plus importants à la réputation noire du moyen-âge.