Les vives critiques dont sont l'objet les moines de Cluny (richesses excessives, relâchement de la discipline, éloignement de la règle de Saint Benoît, ...) débouchent sur le développement de nouvelles communautés prônant le renoncement de soi et la méditation. C'est dans ce contexte de retour aux principes fondamentaux tels que les avait décrits Saint Benoît qu'il faut situer les origines du mouvement cistercien.

Le 21 mars 1098, 21 moines bénédictins de Molesmes, ayant à leur tête l'abbé Robert, quittent l'opulente abbaye et se retirent en un lieu nommé "Cistels" (nom qui deviendra par déformation Cîteaux). Ce qu'ils veulent, c'est pratiquer la règle bénédictine dans sa teneur littérale. Les trois fondateurs, Robert, Albéric et Étienne, ont défini avec précision la position juridique du monastère, les normes concernant la pauvreté individuelle et conventuelle, l'hospitalité, les frères convers, les futures fondations d'abbayes, l'équilibre de la vie monastique, etc.

En 1099, le Pape oblige Robert à revenir à Molesmes, et il confie l'abbatiat du nouveau monastère à Albéric. C'est ce dernier qui place l'ordre sous la protection du pape (1100) et fait consacrer une première église sur le site (1106). C'est aussi lui qui fera adopter aux moines l'habit de laine écrue, qui les fera qualifier de "moines blancs" par opposition aux "moines noirs" de Cluny

Albéric meurt en 1109 et Etienne Harding, co-fondateur de l'ordre, est nommé abbé. Sous son abbatiat, l'ordre commence à essaimer et 4 abbayes-filles de Cîteaux seront créées : La Ferté-sur-Grosne en 1113, Pontigny en 1114, et surtout Clairvaux, ainsi que Morimond, en 1115.
L'Ordre cistercien se caractérise en effet par une organisation arborescente : Cîteaux est le tronc principal d'où partent quatre branches que sont les abbayes-filles ; chaque monastère peut à son tour fonder des abbayes, ces dernières étant toujours rattachées à l'une des lignées primitives. C'est ainsi qu'en 1119, l'ordre comptera déjà 12 monastères.

Etienne rédige la Charte de Charité qu'il présente au Pape Callixte II en vue de la reconnaissance de cette nouvelle branche de moines bénédictins : c'est donc à lui que les cisterciens doivent leur statut définitif. Oeuvre capitale d'Étienne, la charte de charité est la constitution de l'Ordre, qui précise que la Règle devra être comprise et observée par tous d'une seule manière et que le mode de vie sera partout semblable. L'idée de base est de laisser à chaque monastère son autonomie pour encourager son expansion, tout en maintenant au-dessus de lui une juridiction d'appel et de surveillance pour l'empêcher de dévier.
A sa mort en 1133, Harding laisse un ordre comportant déjà 70 communautés, pour lesquelles il aura contribué à leur organisation.

Le personnage emblématique de l'ordre naît en 1090 : il s'agit de Bernard de Clairvaux. Attiré par la ferveur de ses moines, il rejoint le monastère de Cîteaux en 1112, accompagné de trente compagnons. A 25 ans, il se voit confier la création de l'abbaye de Clairvaux (1115) ; en 38 ans d'abbatiat, il contribue à la création de 68 abbayes filles de Clairvaux, et sa filiation comptera 165 établissements !
A sa mort au milieu du XIIe, il laisse derrière lui plus de 160 moines à Clairvaux, l'ordre compte près de 350 abbayes et la moitié des moines français sont cisterciens !

L'abbaye de Clairvaux

Des divers bâtiments construits sur le site, il ne reste que quelques éléments : l'église abbatiale dans laquelle reposait Saint Bernard n'existe plus car elle a été démolie au début du XIXe. Il reste quelques murs du premier Clairvaux (le "Monasterium Vetus"), le splendide bâtiment des convers et le grand cloître du Clairvaux de la Renaissance. Le monastère a servi à divers usages, avant de devenir au début du XIXe ce qu'il est encore aujourd'hui : une prison.
L'architecture cistercienne s'est affirmée au XIIe, au moment de l'épanouissement de l'art roman. L'ordre prône une architecture austère, mais cette sobriété et son dépouillement est l'expression d'une morale et du respect de la théologie : le luxe et le faste sont bannis et tout élément de décoration jugé superflu est supprimé (sculptures ou peintures notamment). Seules des feuilles d'eau faisant référence à l'origine de l'ordre sont fréquemment représentées sur des chapiteaux. L'absence de clocher dans les églises des monastères traduit très bien ce refus de toute marque ostentatoire de puissance.