La guerre civile entre Armagnacs et Bourguignons est un conflit à l'intérieur d'un autre conflit (la guerre de Cent Ans) et qui ajoute la confusion des alliances à la confusion dynastique, sur fond de démence du roi Charles VI

Charles VI étant fou, la reine (Isabeau de Bavière) préside à partir de 1393 un conseil de régence, où siègent les grands du royaume. L'oncle de Charles VI, le duc de Bourgogne Philippe le Hardi, régent à la minorité du roi (de 1380 à 1388), est fin politique et exerce une influence sur la reine. Mais cette influence va diminuer au profit de Louis d'Orléans, le frère du roi. Le fils de Philippe le Hardi, Jean sans Peur, constatera l'aggravation de ce déclin. Les autres oncles de Charles VI sont moins influents sur la régence : le duc d'Anjou est accaparé par la gestion du royaume de Naples et le duc de Berry (Jean de Berry) sert surtout de médiateur entre les partis d'Orléans (futurs Armagnacs) et de Bourgogne dont la rivalité va augmenter progressivement, pour aboutir à une véritable guerre civile.

En fait, ce conflit n'est que l'affrontement de deux systèmes, portés par les deux grandes puissances de l'époque : la France, pays très favorisé par l'agriculture, avec un système féodal et religieux fort ; l'Angleterre, au climat pluvieux favorisant les pâturages et donc l'élevage des ovins, qui vend sa laine aux drapiers de Flandre. Les Bourguignons sont favorables au modèle anglais (d'autant plus que la Flandre appartient au duché de Bourgogne), tandis que les Armagnacs défendent le modèle français. De la même manière, le grand schisme d'occident a entraîné l'élection d'un antipape qui siège à Avignon (Clément VII) et est soutenu par les Armagnacs, alors que le pape de Rome (Urbain VI) est soutenu par les Anglais.

A cela s'ajoute un contentieux financier : tandis que Louis d'Orléans, tirant du Trésor royal les neuf dixièmes de ses revenus, achète terres et places fortes dans les marches orientales du royaume que les Bourguignons considèrent comme une chasse gardée, Jean Sans Peur, voit se tarir les largesses royales.

Qu'il joue de la rumeur (présentant Louis d'Orléans comme le père véritable du dauphin Charles) ou de la menace, Jean sans peur échoue à restaurer son influence : il se résout donc à assassiner son rival : le meurtre a lieu à Paris, rue Vieille du Temple, le 23 novembre 1407, alors que la victime sort de chez la reine, qui vient d'accoucher. Cet assassinat déclenche les hostilités

Pour venger son père, Charles d'Orléans tente en effet de fédérer les ennemis au duc de Bourgogne. Malgré une paix conclue à Chartres en 1409, une ligue anti-bourguignonne, dans laquelle entrent, outre le duc d'Orléans et son beau-père Bernard VII d'Armagnac, les ducs de Berry, de Bourbon et de Bretagne, ainsi que les comtes d'Alençon et de Clermont (15 avril 1410).

Entre trèves et paix instables, les affontements se multiplient, ce dont profitent les Anglais, qui soutiennent alternativement les deux partis : en 1412, les Armagnacs cèdent la Guyenne à Henry V et reconnaissent sa suzeraineté sur le Poitou, l'Angoulême, le Périgord ; Jean sans Peur, lui, ménage les Anglais pour éviter un embargo sur la laine, qui pourrait ruiner les drapiers de Flandre.

Paris est bien sûr l'enjeu de toutes les luttes. En 1413, Jean sans Peur soutient la révolte des Cabochiens, qui entraîne une succession de massacres à Paris. La population parisienne, affolée, appelle les Armagnacs à son secours. Leurs troupes reprennent le contrôle de la ville en 1414. En 1415, le duc de Bourgogne reste neutre vis-à-vis des Anglais, qui reprennent les hostilités. Il laisse ainsi Henri V défaire l'armée française, essentiellement pourvue par les Armagnacs, à la bataille d'Azincourt en octobre 1415.
Le 29 mai 1418, Paris est livré à Jean de Villiers de L'Isle-Adam, capitaine d'une troupe de partisans du duc de Bourgogne. Maître de la ville, Jean sans Peur entre en négociation avec les Anglais et semble disposé à accueillir les prétentions du roi d'Angleterre au trône de France. Pourtant, il accepte une rencontre avec le Dauphin, afin de trouver une paix avantageuse pour les deux partis. Il est finalement assassiné, le 10 septembre 1419, sur le pont de Montereau-Fault-Yonne, par le parti des Armagnacs, qui craignent un rapprochement du Dauphin avec les vues politiques bourguignonnes.

Philippe le Bon, le nouveau Duc de Bourgogne, fait alors alliance avec les Anglais (ce qu'avait toujours évité son père). Cela aboutit au traité de Troyes, où Charles VI, n'ayant plus d'héritier légitime, déshérite le dauphin et marie sa fille Catherine de Valois à Henri V d'Angleterre, le trône de France devant échoir à leur descendance. Le bel édifice dynastique sera réduit à néant par le sacre Charles VII à Reims, le 17 juillet 1429, qui prend de court le successeur d'Henri V.

Charles VII, engagé dans une patiente reconquête du territoire français, souhaite isoler les Anglais des Bourguignons. En 1435, il conclut avec Philippe le Bon le traité d'Arras, qui reconnaît l'indépendance de la Bourgogne. Cet accord met officiellement fin à la guerre et va permettre à Charles VII de reprendre aux Anglais pratiquement toutes leurs possessions continentales : en 1453, ils ne contrôlent plus que Calais.