L'attentat d'Anagni s'inscrit dans un contexte de lutte de pouvoir entre le roi de France, Philippe IV le Bel et la Papauté. Il s'agit d'un coup de force de l'envoyé du roi, Guillame de Nogaret, contre le pape : le 8 septembre 1303, Boniface VIII est giflé et emprisonné, au moment où il allait excommunier Philippe le Bel.

Le contentieux est conséquent. Sur le principe d'abord : Philippe le Bel est un précurseur du gallicanisme et n'entend pas se soumettre au pape ; dans les faits en suite : nécessité fait loi

Philippe le Bel a besoin d'argent pour poursuivre la guerre contre les Flamands et ses offensives diplomatiques, ainsi que pour maintenir le train de vie de l'État, malgré quelques signes de dépression économique. Il ne lui suffit pas de dévaluer la monnaie ni de dépouiller les juifs et les banquiers lombards. Il lève en 1295 un impôt occasionnel sur le clergé, la "décime". Le clergé s'incline, bien que le roi se soit dispensé de l'autorisation du pape. Mais lorsque Philippe IV revient à la charge avec une taxe supplémentaire, la "cinquantième", les évêques se plaignent au pape Boniface VIII. En réaction, celui-ci publie la bulle Clericis laicos dans laquelle il précise à l'ensemble des souverains que le clergé ne peut être soumis à aucun impôt sans l'accord du Saint-Siège. Les évêques eux-mêmes sont tenus de suivre les recommandations du Saint-Siège sous peine d'excommunication !

Dans le même temps, Philippe Le Bel interdit toute exportation de valeurs hors du royaume de France, ce qui a pour effet de priver le pape d'une grosse partie de ses ressources.

Pressé par le clergé français qui s'inquiète pour le roi, son protecteur naturel, Boniface VIII en vient à publier une série de bulles assouplissant sa position. En 1297 il doit finalement s'incliner et le "conflit de la décime" se résout à l'avantage du roi de France. La même année, le prestige de Philippe le Bel est encore accru par la canonisation de Louis IX (Saint Louis) qui fait du roi rien moins que le petit-fils d'un saint !

C'est dans ce contexte déjà tendu qu'intervient l'affaire Bernard Saisset, évêque de Pamiers. Dans un Midi encore mal remis de la croisade contre les Albigeois, celui-ci conteste haut et fort la légitimité du roi de France. Il suggère même au comte de Foix, Roger-Bernard, de libérer le Languedoc de la tutelle capétienne. Au mépris du droit, Saisset est capturé, renvoyé devant un tribunal laïc pour félonie, et emprisonné !

Boniface VIII s'irrite de ces infractions au droit canonique. Désireux de maintenir l'indépendance de l'Église et la prééminence du Saint-Siège, il publie le 18 novembre 1302 une nouvelle bulle, Unam sanctam, pour réaffirmer la primauté du Saint-Siège sur les souverains temporels. Entraîné par un tempérament coléreux et excessif, le pape en arrive à menacer le roi de France d'une excommunication, et convoque un concile à cet effet

C'est est trop pour Philippe, qui envoie Guillaume de Nogaret à Anagni, en vue de se saisir de Boniface VIII. Son intention est de faire traduire le pape devant un concile général en vue de sa destitution. Le projet a l'assentiment d'une bonne partie de l'Église et de bonnes chances d'aboutir tant le pape s'est fait d'ennemis.
L'homme de confiance de Philippe le Bel se présente avec une petite troupe dans le palais pontifical de la ville natale du pape. Aidés par les Colonna, puissante famille concurrente de celle du pape (Caetani), Guillaume de Nogaret et ses hommes atteignent les appartements du pape et le molestent. On parle d'un simple soufflet, mais Boniface VIII ne survivra qu'un mois à cette humiliante rencontre. Toujours est-il que les Français doivent renoncer à emmener le souverain pontife.

Après le court pontificat de son successeur Benoît XI, l'élection du français Bertrand de Got et son installation en Avignon consacreront la victoire de fait du roi de France.